我們今天來討論一個法律案件，就是在民國89年農業發展條例修正前，人民興建自用農舍，可以在農舍坐落土地10公里內的耕地作為配合的耕地，並列入使用執照中。在這裡會發生幾個問題第一點因為在我國建築管理執行過程中，時常會發生農舍興建完成以後，農舍的所有權人還會再加建其他的建築物，這一個部分的建築物就是所謂的違章建築。第二個問題是因為當時的法律規定配合耕地可以找不同人的名下所有耕地來做配合耕地，因此會衍生幾個問題，如果另一位配合耕地所有權人 因為有需求而必須要使用該配合的耕地來做處理，而可不可以再拿其他名下等農地來做配合耕地並在使用執照做變更註記。
我們所設定的基礎如下：「
一、甲原有農地A，其上於80年間建有農舍 A1，因其原有農地A之面積不足，由乙提供名下B農地作為配合耕地，以供甲作為配合耕地，合併申請興建農舍，取得使用執照。
二、乙後因B農地另有其他用途，欲提供隔壁C農地作為原使用執照配合耕地，但發現甲的A1農舍，尚搭建出B1的違建。」，在這樣的一個爭議案件中要解決的第一個問題是原來合法的農舍又有違章建築這個時候再作使用執照的變更應該先如何處理呢？第二個問題是使用執照要進行配合耕地變更的注記這個時候又要如何處理呢？
對於第一個爭議事項，農委會曾經在108年發佈了一個解釋令，在這個解釋令中表示並不是擁有農業用地就一定可以興建農舍，興建農舍是一個許可的行為。如果農地上有建物，主管機關應該要實地去清查農地上的建物有沒有使用執照或建築執照，如果建物的所有權人提不出使用執照就應該要請建物的所有權人補辦建築物的使用執照這樣子才能釐清農地上的建築物是不是農舍。第二個問題是如果申請農舍土地外的其他農業用地上，還有別人或者是佔用的建物這個時候會涉及到建築法違章建築的問題應該要先處理。
農委會108年間又有另外一個解釋令，根據農業用地興建農舍辦法的規定如果沒有根據上開辦法申辦的農舍都是屬於在農業用地上存在的違章建築，應該要先處理，只有具備合法建物的條件的時候才會有農委會認定的農舍，並且才可以更正為一般的建築用地或者做其他的變更使用。
對於另外一個爭議問題是使用執照配合耕地如何變更的問題，農委會在109年也有發佈了一個解釋令，也就是說原來使用執照注記的配合耕地變更，用來交換的土地應該是農舍坐落土地的所有權人去所有，這樣才可以減少套繪管制不合理的情況，不適合再放寬非農舍坐落土地所有權人，可以任意變更原套繪管制農地的情形。
從這些農委會的解釋令我們可以知道以下的結論：
第一點是所謂自用農舍是跟農地具有不可分離的建築物，不是擁有農業用地就一定可以興建農舍。如果農地上面有建物，主管機關應該要清查建築物有沒有合法的使用執照，如果沒有合法的使用執照應該要先請建築物的所有權人辦理建築物第一次登記或者是補辦使用執照，並且在建物的所有權狀上註明使用的用途。
第二點是根據農業用地興建農舍辦法的規定如果沒有根據上開辦法申辦的農舍都是屬於未經申請興建的建築物，也就是所謂的違章建築必須要先根據建築法的規定處理。也只有具有合法建物的條件才會有農委會發佈變更或者是被認定農舍的條件。
第二個爭議問題在於原本的使用執照配合耕地的變更，對於用語交換的土地必須要是農舍坐落土地的所有權人所有才可以進行原來使用執照配合耕地的變更，這樣子才能減少農舍雲農業經營用地結合達到農地農用的政策
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